Une méthode enzymatique in vitro qui amplifie de manière exponentielle un fragment d'ADN spécifié par des cycles itératifs de dénaturation, d'hybridation d'amorces et d'élongation utilisant une ADN polymérase thermostable et des amorces spécifiques de séquence.

Principe

L'amplification exponentielle ciblée est obtenue par des cycles thermiques répétés qui séparent les brins matrice, permettent la fixation des amorces et l'élongation par la polymérase ; la spécificité est déterminée par la séquence des amorces et les conditions de réaction.

Démonstration

Amplification d'un gène diagnostique bactérien à partir d'un écouvillon clinique : des amorces encadrant un locus de 200 pb sont utilisées pendant 30 cycles thermiques pour produire des millions de copies détectables par électrophorèse ou fluorescence.

Mauvaise application

Interpréter une amplification positive comme preuve d'organisme viable ou d'abondance quantitative sans contrôles ; ne pas contrôler la contamination, utiliser des amorces non spécifiques ou provoquer des faux amorçages menant à des faux positifs et des bandes artefactuelles.

Conséquence

Permet la détection sensible de séquences d'ADN spécifiques à partir d'entrées faibles, le clonage de loci, le génotypage et de nombreux flux moléculaires en aval, à condition d'utiliser contrôles et validations.

Inversion

Sans spécificité des amorces ou cyclage thermique (p. ex. amplification aléatoire ou réactions polymérase isothermes non spécifiques), l'amplification exponentielle ciblée échoue et les résultats sont non sélectifs ou de faible fidélité.

Limite

S'applique à l'amplification de cibles ADN in vitro utilisant des amorces guidées par séquence et une polymérase adaptée au cyclage thermique ; exclut les méthodes d'amplification isotherme, la détection directe d'ARN sans transcription inverse et les tests non enzymatiques des acides nucléiques.

Tension sémantique

Tension entre l'idée de la PCR comme mesure quantitative versus un test d'amplification qualitatif ; se recoupe aussi avec les méthodes d'amplification isotherme qui ont des objectifs proches mais un mécanisme différent.

Synthèse

La PCR est une méthode pour produire un grand nombre de copies d'une séquence d'ADN définie en exploitant l'élongation enzymatique dirigée par amorce à travers des cycles thermiques itératifs, permettant la détection et la manipulation des acides nucléiques.