Ressemblance entre structures biologiques ou séquences attribuable à une descendance d'un ancêtre commun ; dans ce dictionnaire l'homologie est utilisée au sens phylogénétique strict plutôt que comme synonyme générique de similarité.

Principe

Les caractères sont homologues lorsqu'ils dérivent du même caractère chez le dernier ancêtre commun ; l'homologie s'infère par analyse phylogénétique, congruence du contexte positionnel et développemental et caractères dérivés partagés, plutôt que par la seule similarité.

Démonstration

Des gènes codant des protéines orthologues chez les mammifères qui forment un groupe dans les arbres phylogénétiques et conservent la structure exon–intron et la syntenie sont homologues par descendance ; les os de l'avant-bras chez les tétrapodes (humérus, radius, ulna) sont des éléments anatomiques homologues hérités d'un ancêtre commun.

Mauvaise application

Qualifier d'homologues des caractères convergents parce qu'ils se ressemblent (p. ex. ailes d'oiseaux et de chauves-souris) ou assimiler une forte similarité de séquence sans contexte phylogénétique à de l'homologie ; utiliser l'homologie familièrement pour signifier similarité fonctionnelle plutôt que origine partagée.

Conséquence

La reconnaissance correcte de l'homologie permet de reconstruire l'histoire évolutive, de transférer avec prudence des inférences fonctionnelles et de distinguer orthologie et paralogie, ce qui affecte la génomique comparative et l'interprétation évolutive.

Inversion

L'analogie décrit une similarité résultant indépendamment d'une évolution convergente plutôt que d'une ascendance commune ; reconnaître l'analogie évite des inférences erronées de descendance partagée.

Limite

S'applique aux caractères, gènes, protéines et structures qui peuvent être placés dans un cadre phylogénétique pour évaluer la descendance commune ; exclut la similarité superficielle ou fonctionnelle sans continuité historique et les situations où l'homologie profonde est équivoque en raison de données rares.

Tension sémantique

Il existe une tension entre le sens phylogénétique technique de l'homologie et l'usage courant signifiant « similarité » ; tension aussi entre l'homologie inférée à partir de différents types de données (séquence, génétique du développement, morphologie) lorsqu'elles sont inconciliables.

Synthèse

L'homologie, au sens évolutif strict, désigne des caractères qui partagent une origine chez un ancêtre commun ; l'établir exige des preuves phylogénétiques et une congruence contextuelle, et distinguer correctement homologie et analogie est essentiel pour des inférences évolutives et fonctionnelles valides, bien que certaines homologies profondes ou partielles restent incertaines.