Una familia de tecnologías de secuenciación de ADN masivamente paralelas y de alto rendimiento que producen grandes volúmenes de lecturas cortas a largas a partir de bibliotecas de ácidos nucleicos, permitiendo análisis a escala de genoma, transcriptoma y específicos.

Principio

Las moléculas de la biblioteca se preparan con adaptadores y a menudo códigos de barras, se amplifican clonalmente o se leen en paralelo y se secuencian masivamente mediante químicas específicas del instrumento que convierten señales bioquímicas en llamadas de bases; la profundidad y la longitud de lectura implican compensaciones entre coste, precisión y resolución.

Demostración

Re-secuenciación del genoma completo: el ADN genómico fragmentado se convierte en una biblioteca indexada y se secuencia a 30× de cobertura en una plataforma de lecturas cortas para llamar SNPs y variantes estructurales; o bibliotecas de RNA-seq profiladas para cuantificar la expresión génica entre condiciones.

Aplicación incorrecta

Sobreinterpretar variantes de baja frecuencia sin evaluar perfiles de error, ignorar efectos de lote en la preparación de bibliotecas, asumir presencia/ausencia con cobertura superficial o emplear ensamblajes de lecturas cortas para resolver repeticiones complejas sin validación ortogonal.

Consecuencia

Permite un perfilado genético y transcriptómico exhaustivo a escalas imposibles con métodos Sanger, impulsando el descubrimiento de variantes, patrones de expresión y comunidades microbianas y guiando la medicina de precisión cuando las canalizaciones analíticas controlan errores y sesgos.

Inversión

Si la profundidad de secuenciación es insuficiente, la complejidad de la biblioteca pobre o se ignoran los modelos de error, los conjuntos de datos pueden ser engañosos; la secuenciación Sanger tradicional o ensayos dirigidos pueden ser preferibles para necesidades de alta precisión en un solo locus.

Límite

Cubre plataformas y flujos de trabajo de secuenciación de alto rendimiento para producir y analizar datos de secuencia a gran escala a partir de bibliotecas; excluye métodos capilares de un solo molécule y bajo rendimiento, detección puramente por hibridación sin secuenciación y análisis que carezcan de replicación apropiada y modelado de errores.

Tensión semántica

Tensión entre enfoques de lecturas cortas de alta precisión y tecnologías de lecturas largas que mejoran la resolución estructural pero pueden presentar diferentes espectros de error; significados en competencia incluyen 'alto rendimiento' frente a 'cualquier secuenciación no Sanger'.

Síntesis

La secuenciación de nueva generación agrupa métodos que convierten bibliotecas de ácidos nucleicos en lecturas masivamente paralelas, sopesando longitud de lectura, profundidad y características de error para ofrecer datos a escala genómica y transcriptómica en respuesta a preguntas biológicas diversas.