Un ensemble de technologies de séquençage de l'ADN massivement parallèles et à haut débit qui produisent de grands volumes de lectures courtes à longues à partir de bibliothèques d'acides nucléiques, permettant des analyses à l'échelle du génome, du transcriptome et ciblées.

Principe

Les molécules de la bibliothèque sont préparées avec adaptateurs et souvent des codes-barres, amplifiées en clonaux ou lues en parallèle, et séquencées massivement via des chimies propres à chaque instrument qui convertissent des signaux biochimiques en appels de bases ; profondeur et longueur de lecture opposent coût, précision et résolution.

Démonstration

Reséquencage du génome entier : l'ADN génomique fragmenté est converti en une bibliothèque indexée, séquencé à une couverture 30× sur une plate-forme à lectures courtes pour appeler SNPs et variants structurels ; ou des bibliothèques RNA-seq profilées pour quantifier l'expression génique entre conditions.

Mauvaise application

Sur-interpréter des variants à faible fréquence sans évaluer les profils d'erreur, ignorer les effets de lot lors de la préparation des bibliothèques, déduire une présence/absence à partir d'une couverture superficielle, ou utiliser des assemblages de lectures courtes pour résoudre des répétitions complexes sans validation orthogonale.

Conséquence

Permet un profilage génétique et transcriptomique exhaustif à des échelles impossibles avec les méthodes Sanger, alimentant la découverte de variants, de motifs d'expression, de communautés microbiennes et guidant la médecine de précision lorsque les pipelines analytiques contrôlent erreurs et biais.

Inversion

Si la profondeur de séquençage est insuffisante, la complexité de la bibliothèque faible ou les modèles d'erreur ignorés, les jeux de données peuvent induire en erreur ; le séquençage Sanger traditionnel ou des essais ciblés peuvent être préférables pour des loci uniques à haute précision.

Limite

Couvre les plates-formes et flux de travail de séquençage à haut débit pour produire et analyser des données de séquence à grande échelle à partir de bibliothèques ; exclut les méthodes capillaires à faible débit monomoléculaire, la détection purement par hybridation sans séquençage et les analyses sans réplication ni modélisation des erreurs.

Tension sémantique

Tension entre approches à lectures courtes et haute précision et technologies à longues lectures qui améliorent la résolution structurelle mais présentent des spectres d'erreur différents ; deux acceptions concurrentes incluent 'haut débit' versus 'tout séquençage non-Sanger'.

Synthèse

Le séquençage de nouvelle génération regroupe des méthodes qui transforment des bibliothèques d'acides nucléiques en lectures massivement parallèles, conciliant longueur de lecture, profondeur et caractéristiques d'erreur pour fournir des données à l'échelle du génome et du transcriptome.